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Les méthaniseurs engloutissent un fourre-tout de déchets de natures et de provenances diverses, parfois dangereuses. S’il n’y a pas d’alerte forte à ce jour, certains experts s’inquiètent de voir les digestats favoriser la dissémination de maladies. Pourtant, l’immense majorité des méthaniseurs dispose d’une dérogation au procédé d’hygiénisation, censé sécuriser les déchets porteurs d’agents pathogènes.